自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
张序自序卷上经义论证阴虚论治阳虚论治咳嗽失血骨蒸遗精女人月闭诸虚见症论虚损劳瘵论虚损传变论五劳七伤六极辨虚火论脉论爪论嚏虚损危候辨似损非损卷下六味地黄丸八味丸（崔氏）大补元煎（新方）左归饮（新方）右归
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
前序序石山先生自赞卷一痈疽脉一治疮脉诀七恶五善二诸恶疮五逆三定痈死地分四背上九处不可病痈五痈发有不可治六发背治之难易七占色候生死八痈之源有五九生痈所感不同十肺肝肾痈症十一痈生原于脏腑十二辨脏腑内疮十三
上卷总论类妇人九证论难易上卷经脉类经脉之本经脉诸脏病因经不调调经论外备用方血热经早血热论外方血热经迟血寒经迟血寒论外方血虚经乱肾虚经乱经期腹痛经痛论外方崩淋经漏不止治崩淋经漏之法崩漏论外方杀血心痛热入
总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
巢氏诸病源候总论
重修本草之记重修证类本草序政和新修经史证类备用本草序证类本草所出经史方书卷第一嘉补注总叙本草图经序开宝复位序唐本序梁·陶隐居序上合药分剂料理法则补注所引书传林枢密重广本草图经序雷公炮炙论序新添本草衍义
自序卷一调经门经水先期而来经水过期而来经行腹痛血风卷二血崩便浊白淫淋证白带血癖经准不孕热入血室卷三广嗣论胎前门受妊脉法男女脉法双胎脉法死胎脉法鬼胎脉法逐月胎形论妊娠调护法小产安胎卷四妊娠中风妊娠伤寒妊
自序卷上 辨证瘴疟形状人身肖天地瘴疟类天时受病之源瘴疟伤寒辨瘴疟内伤辨诸疟瘴疟辨伤寒瘴疟分南北辨瘴疟五脏俱病冷瘴热瘴瘴不治症脉日期妇人小儿发瘴时调理却病法瘴病中将息法瘴病后将息法灸法瘴后变症痢肿胀痰治