序卷上流注指微针赋流注经络井荥说平人气象论经隧周环图手太阴肺经手阳明大肠经足阳明胃经足太阴脾经手少阴心经手太阳小肠经足太阳膀胱经足少阴肾经手厥阴心包经手少阳三焦经足少阳胆经足厥阴肝经卷中井荥俞经合部分
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
谢氏《发背对口治诀论》序总论附∶谢氏外科秘法附∶对口方附∶杨州存济堂药局膏药方
宣明方论
简介弁言凡例卷一 内症门卷二 外科门卷三 妇科门卷四 儿科门卷五 奇急门
简介奇效良方内容细目卷之一 风门（附论）（一）卷之二 风门（附论）（二）卷之三 风门（附论）（三）卷之四 寒门（附论）卷之五 暑门（附论）卷之六 湿门（附论）卷之七 燥门（附论）卷之八 火门（附论）卷
医话
幼科类萃
叙凡例补益之剂（十首、附方七）四君子汤升阳益胃黄鳖甲秦艽鳖甲秦艽扶羸汤紫菀汤百合固金补肺阿胶小建中汤益气聪明汤发表之剂（十四首、附方八）麻黄汤桂枝汤大青龙汤小青龙汤葛根汤升麻葛根汤九味羌活十神汤神术散
卷一医说五脏六腑脉病虚实肝脏脉病虚实心脏脉病虚实脾脏脉病虚实肺脏脉病虚实肾脏脉病虚实胆经虚实病候小肠虚实病候胃经虚实病候大肠虚实病候膀胱经虚实病候三焦虚实病候五脏补泻主治例十二经络奇经八脉诊脉七表八里