叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
十四经发挥
叙自叙凡例医学集成卷一阴阳诸论天地阴阳人身阴阳病有阴阳药有阴阳阴虚证论阳虚证论先天解说后天解说丹田解说五行生克五脏六腑脏腑表里脏腑所属足六经辨手六经辨十二经络寸关尺解六部脉解脉定至数脉定权衡浮沉统属（
刘序凡例正面图（图缺）背面图（图缺）指节图灸盏图灸药神方人神在曰不宜灸单十二时人神所在不宜针灸歌十二支曰人神所在不宜针灸歌十干曰人神所在不宜针灸歌尻神图九宫尻神歌应灸七十症中风尸厥偏风眩晕痿症痹症劳伤
简介前言序卷第一卷第二卷第三卷第四卷第五卷第六卷第七卷第八卷第九卷第十卷第十一卷第十二卷第十三卷第十四卷第十五卷第十六卷第十七卷第十八卷第十九卷第二十卷第二十一卷第二十二卷第二十三卷第二十四卷第二十五
简介张序祁序女科上卷带下白带下（一）青带下（二）黄带下（三）黑带下（四）赤带下（五）血崩血崩昏暗（六）年老血崩（七）少妇血崩（八）交感出血（九）郁结血崩（十）闪跌血崩（十一）血海太热血崩（十二）鬼胎妇
内外伤寒辩惑论
正文种痘要旨选苗蓄苗天时择吉调摄禁忌可种不可种水苗种法五脏传送之理旱苗种法痘衣种法痘浆种法信苗补种自出治法
自叙卷上脾胃伤风中寒暑热暑厥中伏暑注夏湿燥火症风湿风温湿温瘾疹痛风劳倦痰火咳嗽喘青筋气怒中恶伤食卷下伤酒黄胆积聚瘕僻痞块癫狂痫症三消霍乱疟疾痢疾泄泻疝气香港脚痿症