总论出产择地土收采按时月藏留防耗坏贸易辨假真咀片分根梢制造资水火治疗用气味药剂别君臣四气五味七情七方十剂五用修合条例服饵先后各经主治引使用药法象卷之一草部上人参黄耆甘草白术生干地黄当归牛膝黄精远志石菖
概述卷一阴阳颠倒篇顺逆探原篇回天生育篇天人寿夭篇命根养生篇救母篇红铅损益篇初生微论篇骨阴篇卷二媾精受妊篇社生篇天厌火衰篇经脉相行篇经脉终始篇经气本标篇脏腑阐微篇考订经脉篇包络配腑篇卷三胆腑命名篇任督死
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
素灵微蕴序素灵微蕴卷一胎化解脏象解经脉解营卫解脏候解素灵微蕴卷二五色解五声解问法解诊法解医方解素灵微蕴卷三齁喘解吐血解惊悸解悲恐解飧泄解肠澼解脾胃解火逆解素灵微蕴卷四消渴解气鼓解噎膈解反胃解中风解带下
素问六气玄珠密语
卷一四诊总括察色听声审病切脉虎口三关部位脉纹形色初生门（上）拭口（附下胎毒法）断脐浴儿藏胎衣法天德月空剃头不啼不乳眼不开吐不止不小便不大便大小便不通肛门内合噤口撮口脐湿脐疮脐突脐风天钓内钓盘肠气痛卷二
序按语八十五条附方
题辞卷上脏腑经络先后病脉证第一湿病脉证第二百合狐惑阴阳毒病证治第三疟病脉证并治第四中风历节病脉证并治第五血痹虚劳病脉证并治第六肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治第七奔豚气病脉证治第八胸痹心痛短气病脉证治第九腹满
赵叙题词弁言苦口婆心语论湿温证用药之误麻证喉痛以喉证治之必死说附录天保采薇汤方急慢惊风辨产前以攻病为安胎说产后以甘温退虚热说为虚弱人及幼孩治实证遇当用克伐之药者宜早宜重说小儿难治之症有四说夹阴证邪说害
原叙卷上咽喉说喉科总论诸风秘论阴阳论辨面色论坏症须知论证附：纂咽喉不治症喉风三十六症斗底风叉喉风咽疮风鱼鳞风双松子风单松子风帝中风双鹅风单鹅风双燕口风单燕口风重风木舌风重舌风坐舌莲花风合架风角架风爆骨